学院建设有国家专用集成电路系统工程技术研究中心、MEMS教育部重点实验室、江苏省显示技术工程研究中心（江苏省信息显示工程技术研究中心）、江苏省光通信器件与技术工程研究中心、江苏省光传感与光通信网络技术工程中心等五个科研基地。学院“十五”期间王保平教授、时龙兴教授、黄庆安教授3人担任国家“863”计划主题专家组和专项专家组专家；“十五”、“十一五”期间王保平教授、黄庆安教授2人担任总装备部专家组专家；“十一五”期间时龙兴教授担任“核、高、基”国家重大专项专家组专家。
    “十一五”以来学院共承担了国家“863”项目18项、“973”项目1项、国家自然基金项目28项、国防科研项目35项、杰出青年基金1项。2005~2009年学院科研经费到款15771.67万元；获得的科技奖励包括：国家科技发明二等奖1项、省部级一等奖4项、二等奖3项、三等奖1项；授权发明专利181项（申请发明专利358项）、美国专利1项、软件著作权5项、集成电路布线图版权2项；发表论文：SCI 205篇、EI 412篇、ISTP 218篇。在2009年4月发表的《东南大学院（系）科技创新工作考核评价报告》中，电子学院科研绩效总体排名位列全校第六。