2006年，我校九龙湖校区投入使用，我院本科生主题搬迁到九龙湖校区，为给广大同学提供良好的课外研学条件，锻炼同学课外科研能力，培养良好的科研精神，促进电子科学与工程学院本科生学风建设，学院在原电子科学与工程学院优秀生实践基地的基础之上，建立电子科学与工程学院创新实验室。
电子科学与工程学院本科生创新实验室由电子科学与工程学院分管教学院长指导，由学院学生事务办公室（九龙湖）和电子科学与工程学院科学技术协会（本科生）共同管理。它是学院本科生课外研学的场所，同时它也是学院优秀生和科协的实践基地。
实验室目前拥有微型计算机15台，直流稳压电源5台，Lini-T万用表2台，SP F05A型函数发生器3台，绿扬YB4320F示波器1台，Tektronix TPS1012函数发生器1台，另有足够的常用电子元器件，常用电工电子实验工具若干，投影仪设备一套。
实验室管理以“服务同学”为宗旨，采取“开放式实验”的方式，每天安排学院志愿者进行长达6小时的值班，学院同学自行前往使用内部资源。
实验室承担每学期一次的SRTP项目结题验收工作，承担由我院主办的东南大学PLD设计竞赛和东南大学嵌入式系统设计竞赛等学生竞赛的相关工作，承担广大同学的研学项目，SRTP项目实践，各种学科竞赛的实验等。同时，电子科学与工程学院学生科协以实验室为依托每学期定期举办学科竞赛和课外科研经验交流会、竞赛答疑和辅导等活动，受到学院广大同学的广泛好评。
