电子学院现有实验室9个,其中学科实验室6个,教学实验室3个。
学科实验室：
国家专用集成电路系统工程技术研究中心
东南大学MEMS教育部重点实验室
东南大学显示技术研究中心暨江苏省信息显示工程技术研究中心
东南大学先进光子学中心
东南大学光子学与光通信研究室暨电子系统可靠性研究中心
东南大学太赫兹研究所 
教学实验室包括：
嵌入式系统实验室
光电子物理实验室
本科生创新实验室（九龙湖） 

各教学实验室负责老师
光电子物理实验室: 吴旭峰   钟嫄
嵌入式系统实验室: 朱为   史小军   赵宁   朱萍  董志芳   贺晋   范卫政    岳辉    张琴
创新实验室:  赵宁  贺晋