国家专用集成电路系统工程技术研究中心（简称工程中心）组建于1992年，主管部门为教育部、江苏省科技厅，依托于东南大学。1995年通过国家科技部组织的验收，历次通过国家科技部评估，2000年、2007年分别获国家科技部再建设支持。工程中心设有系统芯片（SoC）研发部、功率集成电路（PIC）研发部、无线传感器网络（WSN）研发部、行政部，建有中试基地、联合实验室（研发中心）等研究开发机构。
    工程中心在职教职工35人，其中教授10人、副教授及高级工程师11人、博士学位26人，国家重大专项规划、实施专家组专家1人，国家高技术研究发展计划（863计划）信息技术领域主题专家组专家1人，国家新世纪百千万人才工程入选1人，教育部新世纪优秀人才支撑计划人选1人，全国优秀科技工作者1人，江苏省333工程领军人才1人，江苏省333工程学术带头人1人，江苏省特聘教授1人，高校”青蓝工程”科技创新团队1个。
    工程中心承担国家自然科学基金、国家“863”计划、国家重大专项等国家级项目37项，省部级攻关项目等32项；研究成果获国家科技发明二等奖1项，国家科技进步三等奖1项，江苏省科技进步一等奖5项，教育部科技进步二等奖2项；通过国家重点新产品认证2项，申请专利500余件，其中已授权专利285件，发表著作7部，论文900余篇，其中被SCI收录115篇，EI收录279篇。
    工程中心注重研究生培养质量，获全国百篇优秀博士论文提名奖1人。学生参加比赛中，获得第六届、第七届、第八届、第九届、第十届、第十一届、第十二届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛特等奖、一等奖、二等奖和三等奖，第三届、第八届“挑战杯”中国大学生创业计划竞赛获得金奖。
    工程中心作为国家创新体系重要组成部分，不断探索产学研结合的创新模式和机制，取得了较好效果。
    2002年3月，工程中心组建的江苏东大集成电路系统工程技术有限公司，作为成果转化中试基地，坚持以IC设计、嵌入式系统设计为核心，致力于掌握嵌入式系统的核心技术和提供自主知识产权的信息终端产品和解决方案，产品包括：金融支付产品、移动信息终端产品以及集成电路设计服务。
    2007年8月在东南大学苏州研究院成立集成电路与系统重点实验室，是工程中心苏州研发基地的主体。实验室形成了三个研究方向，无锡传感器网络SoC芯片设计研究、功率集成电路研究以及高频高功率器件和电路。
    2009年5月，工程中心成立国家ASIC工程中心（无锡），项目总建设经费3200万元。工程中心（无锡）由5个关键共性技术研发实验室及中试基地组成，设有：高端SoC设计实验室、移动并行计算示范实验室、移动终端技术开放实验室、数模混合IC设计实验室、功率集成技术实验室、中试基地——无锡东集电子有限责任公司。实验室面向SoC领域开展关键共性技术研发，中试基地开展技术成果的中试及自主转化。
    工程中心与企业合作研究开发，与企业成立联合研发中心，2007年工程中心与无锡硅动力微电子有限公司成立了成立东大-硅动力射频技术联合研发中心，2010年与无锡华润上华半导体有限公司成立了东大-华润上华功率集成技术联合实验室，与江苏中讯数码电子有限公司成立了东大-中讯物联平安家居技术联合研发中心。2012年与江苏东光微电子股份有限公司成立了东南大学-江苏省东光微电子股份有限公司功率器件联合研究中心。
    2012年9月27日，东南大学与香港应用科技研究院成立了国家专用集成电路系统工程技术研究中心香港分中心，在香港科学园举行揭牌仪式。国家专用集成电路系统工程技术研究中心香港分中心作为国家工程技术研究中心首个香港分中心，将致力提升国内和香港在创新及科技发展上开创新里程。
    工程中心不断跟踪国际先进的集成电路发展趋势，立足创新，充分发挥自身的特色与优势，抓住机遇，迎接挑战，以高技术产业化为龙头，实现科学研究、技术开发与学科建设、队伍建设、人才培养的互动发展。